ＡＮＡは、ＪＡＬＩの提訴を受け、2005年２月25日に409特許の無効審判を特許庁に請求する。その後、特許庁から無効理由通知が示され（2005年10月５日）、これに対しＪＡＬＩは、実質的に補正を元に戻す訂正請求書を提出する（2005年11月４日）。最終的には、特許庁から、請求（無効審判の請求）は成り立たない旨の審決が下され、その後、審決確定に至り(2006年５月31日)、409特許は存続することとなった。
　

◆理由１
　特許法第29条２項（特許法第123条第１項第２号）　進歩性の欠如：請求項１、２に係る各特許発明は、本件出願前に日本国内において頒布された刊行物に記載された発明、並びに周知及び慣用技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　・特開昭63-173159号公報
　　・特開平8-96050号公報
　　・ＪＡＳ「スカイコートPorte」に関する記事（日経マルチメディア1998年６月号、P20-21）

◆理由２
　特許法第29条２項（特許法第123条第１項第２号）　進歩性の欠如：請求項１、２に係る各特許発明は、本件出願前に公然知られた発明、並びに周知及び慣用技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　・ＪＡＳ「スカイコートPorte」に関する記事（日経マルチメディア1998年６月号,P20-21）
　　・ＡＮＡの従来システム「able-Q」に関する記事（ANA Travel Flyer vol.1）
　　・ＪＡＬのチェックインシステム「JALPAS/D-II」に関する記事（三菱電機技報 Vol.68,P52-57）

◆理由３
　特許法第17条の２第３項（特許法第123条第１項第１号）　新規事項の追加：本件特許の出願手続きにおいてなされた手続補正は、出願当初の明細書等に記載された事項の範囲を超えた補正であり、特許法第17条の２第３項に規定する要件を満たしていない。

◆理由４
　特許法第36条第６項第２号（特許法第123条第１項第４号）　特許請求の範囲の記載要件不備：請求項１、２に記載された発明は不明確であり第36条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。
　

　特許庁は、被請求人（ＪＡＬＩ）が2001年３月１日付けでした補正に関連して３つの無効理由を示している。無効理由の概要は以下のとおり。無効理由は、請求人（ＡＮＡ）が指摘した、上述の理由３、理由４と一部共通する。また、請求人の指摘した進歩性の欠如については判断をしていない。

◇理由１
　2001年３月１日付けの手続補正書によって補正された事項は、本件特許の願書に最初に添付した明細書又は図面に記載した事項の範囲内のものではないから、特許法第１７条の２第３項の規定に違反してなされたものである。
　　・請求項１に関する補正の概略は以下のとおり

・出願時	・補正（2001/3/1)
・Ａ４　ＩＤ情報が記録されたＩＤ記録媒体と、	・Ａ４'　各ユーザ機関内の利用者個人に関する利用者ＩＤ情報が記録されたＩＤ記録媒体と、
・Ｂ１　搭乗券発行機関に対して各ユーザ機関毎のＩＤ情報を表示して航空券予約申請を行う予約申請機能を有し、	・Ｂ１'　搭乗券発行機関に対して各ユーザ機関毎の及び当該ユーザ機関内の利用者個人のＩＤ情報を表示して航空券予約申請を行う予約申請機能を有し、
・Ｃ２　成立した航空券予約情報と、当該航空券予約のために汎用パソコンによって表示された利用者個人のＩＤ情報とを空港の搭乗券発券機に送信する待機指令機能と、	・Ｃ２'　成立した航空券予約情報と、当該航空券予約のために汎用パソコンによって表示された利用者個人のＩＤ情報とを空港の搭乗券発券機に送信する待機指令機能と、
・Ｄ２　読取った利用者ＩＤ情報とホストコンピュータから送信されたＩＤ情報とを照合する照合機能と、	・Ｄ２'　読取った利用者ＩＤ情報とホストコンピュータから送信された利用者個人のＩＤ情報とを照合する照合機能と、

　　・上述の補正内容は、実質的に、「ＩＤ情報」または「利用者ＩＤ情報」を「利用者個人のＩＤ情報」に訂正するものである。Ａ４についても同様である（第１回口頭審理調書）。ここで、「ＩＤ情報」、「利用者ＩＤ情報」のそれぞれは、当初明細書等の記載から「利用者個人および当該ユーザ機関に関するＩＤ情報」を意味すると認められる。そうすると、補正後のＤ２’で定義されるように、搭乗券発券機は、ＩＤ記録媒体から読み取ったＩＤ情報を、ホストコンピュータから受信した「利用者個人のＩＤ情報」と照合することになる。
　しかしながら、当初明細書等には、搭乗券発券機が、ＩＤ記録媒体から読み取ったＩＤ情報を「利用者個人および当該ユーザ機関に関するＩＤ情報」または「各ユーザ機関毎のＩＤ情報」と照合することは記載されているが、「利用者個人のＩＤ情報」と照合することについては記載がない。
　したがって、当該補正事項は、当初明細書等に記載された事項の範囲内のものではない。

◇理由２
　本件特許の請求項１、２に係る発明は、発明の詳細な説明に記載した発明でないから、特許法第３６条第６項第１号の規定に違反してなされたものである。
　　・請求項１に記載の本件発明１においては、搭乗券発券機は、ホストコンピュータから受信する「利用者個人のＩＤ情報」と、ＩＤ記録媒体から読み取った「利用者個人のＩＤ情報」を照合するが、発明の詳細な説明には、入力、送信、照合等がなされる情報は「利用者個人および当該ユーザ機関に関するＩＤ情報」であって、「利用者個人のＩＤ情報」だけで照合等が行われることを示唆する記載はない。

◇理由３
　本件特許の請求項１、２に係る発明は、下記の点が明確でなく、特許法第３６条第６項第２号の規定に違反してなされたものである。
　　・「各ユーザ機関内の利用者個人に関する利用者ＩＤ情報」と「利用者個人のＩＤ情報」は、同じ意味であるにも関わらず異なる用語となっており明確でない。
　　・ＩＤ記録媒体には「利用者個人のＩＤ情報」が記録されており、一方、搭乗券発券機が「ＩＤ記録媒体」から読み取る情報は「利用者個人および当該ユーザ機関に関するＩＤ情報」であり、矛盾がある。
　

　・すべては、2001年３月１日の補正に端を発している。この補正が新規事項であると判断され（理由１）、その補正による記載によって理由２、理由３が生じている。
　・被請求人は、この無効理由通知に応答して、意見書および訂正請求書を提出している。意見書では、特に審判官の認定内容については争わず、請求項１、２を訂正することにより特許の維持を試みている。訂正請求書では、「利用者個人のＩＤ情報」の記載等を「各ユーザ機関内の利用者個人に関する利用者ＩＤ情報」に変更し、実質的に出願当初の内容に戻す訂正を請求している。
　・しかしながら、補正により、「利用者個人のＩＤ情報」との限定をして特許権を得ながら、これを訂正請求により「各ユーザ機関内の利用者個人に関する利用者ＩＤ情報」と変更することは、実質的に特許請求の範囲を拡張するものと考えられ、特許請求の範囲の減縮を目的として訂正を認める特許法第134条の２の規定に違反するとして訂正請求が認められない可能性が高い。そのため、現段階では、本件特許権を維持するのは極めて厳しい状況であると言わざるを得ない。